Algunos problemas éticos surgen de la sencilla
razón de que los antropólogos tienen más poder que los pueblos que estudian. Se
ha argumentado que la disciplina es una forma de colonialismo en
la cual los antropólogos obtienen poder a expensas de los sujetos. Según esto,
los antropólogos adquieren poder explotando el conocimiento y los artefactos de
los pueblos que investigan. Estos, por su parte, no obtienen nada a cambio, y
en el colmo, llevan la perdida en la transacción. De hecho, la llamada escuela
británica estuvo ligada explícitamente, en su origen, a la administración
colonial.
Otros problemas son derivados también del énfasis
en el relativismo cultural de la antropología estadounidense y su añeja
oposición al concepto de raza. El desarrollo de la sociobiología hacia
finales de la década de 1960 fue objetado por antropólogos culturales
como Marshall Sahlins, quien argumentaba que se trataba
de una posición reduccionista. Algunos autores, como John Randal Baker,
continuaron con el desarrollo del concepto biológico de raza hasta la década de
1970, cuando el nacimiento de la genética se volvió central en este frente.
Recientemente, Kevin B. MacDonald criticó la antropología
boasiana como parte de la estrategia judía para acelerar la inmigración masiva
y destruir a Occidente (The Culture of Critique, 2002). En tanto que la
genética ha avanzado como ciencia, algunos antropólogos como Luca Cavalli-Sforza han dado actualizado
el concepto de raza de acuerdo con los nuevos descubrimientos (tales como el
trazo de las migraciones antiguas por medio del ADN de la mitocondria y del
cromosoma Y).
Por último, la antropología tiene una historia de
asociaciones con las agencias gubernamentales de inteligencia y la política
antibelicosa. Boas rechazó públicamente la participación de los Estados Unidos
en la Primera Guerra Mundial, lo mismo que la colaboración de algunos
antropólogos con la inteligencia de Estados Unidos. En contraste, muchos
antropólogos contemporáneos de Boas fueron activos participantes en esta guerra
de múltiples formas. Entre ellos se cuentan las docenas que sirvieron en la
Oficina de Servicios Estratégicos y la Oficina de Información de Guerra. Como
ejemplo, se tiene a Ruth Benedict, autora de El crisantemo
y la espada, que es un informe sobre la cultura japonesa realizado a pedido
del Ejército de Estados Unidos. En 1950 la Asociación
Antropológica Estadounidense (AAA)
proveyó a la CIA información especializada de sus miembros, y muchos
antropólogos participaron en la Operación Camelot durante
la guerra de Vietnam.
Por otro lado, muchos otros antropólogos estuvieron
sumamente activos en el movimiento pacifista e hicieron pública su oposición en
la American Anthropological Association, condenando el
involucramiento del gremio en operaciones militares encubiertas. También se han
manifestado en contra de la invasión a Irak, aunque al respecto no ha habido un
consenso profesional en Estados Unidos.
Los colegios profesionales de antropólogos censuran
el servicio estatal de la antropología y sus deontologías les pueden impedir a
los antropólogos dar conferencias secretas. La Asociación Británica de
Antropología Social ha calificado ciertas becas éticamente peligrosas. Por
ejemplo, ha condenado el programa de la CIA Pat Roberts Intelligence Scholars
Program, que patrocina a estudiantes de antropología en las universidades de
Estados Unidos en preparación a tareas de espionaje para el gobierno. La
Declaración de Responsabilidad Profesional de la American
Anthropological Association afirma claramente que «en relación con
el gobierno propio o anfitrión (...) no deben aceptarse acuerdos de
investigaciones secretas, reportes secretos o informes de ningún tipo».